Dokładniej do roku  1776, kiedy to pewnego dnia ówczesny proboszcz parafii Wacław Tomaszek zauważył, że z rozdrapywanej dookoła kościoła przez psy ziemi zaczynają ukazywać się ludzkie kości. Nie czekając postanowił wezwać grabarza J. Langera oraz kościelnego J. Schmidta. Przy ich pomocy rozpoczął pracę mające na celu wygrzebanie szczątek znajdujących się pod ziemią. Ilości jakie zaczęli wydobywać, przerosły ich najśmielsze oczekiwania. Głównym celem księdza Tomaszka stało się zlokalizowanie i wyciągnięcie ich wszystkich znajdujących się w rejonie Kudowy, Polanicy i Dusznik. Wraz ze swoimi pomocnikami gromadził je przez blisko 20 lat. Jak donoszą kościelne źródła, na tych terenach spoczywały ofiary trzech Wojen Śląskich oraz szerzącej się epidemii cholery po Wojnie Siedmioletniej (1756 - 1763). Szacuje się, że w wyniku tych wydarzeń śmierć poniosło około 80 procent mieszkańców Kotliny Kłodzkiej.Budowa Kaplicy Czaszek została rozpoczęta krótko po makabrycznym odkryciu proboszcza parafii i współfinansowana przez lokalnego możnowładcę Leopolda von Leslie. Zanim umieszczono w niej kości, zostały one oczyszczone poprzez wygotowanie i odpowiednio zaimpregnowane przez Jana Langera. Prace związane z wykończeniem wnętrza tego obiektu trwały do 1804 roku, wtedy też umieszczono tam ostatnie kości - zmarłego w tym samym roku księdza Tomaszka. Tomaszek wraz z grabarzem Langerem ustalił, że po śmierci ich szczątki spoczną właśnie w tej kaplicy. Dodatkowo eksponowane są czaszki sołtysa Czermnej wraz z żoną, rozstrzelanego przez Prusaków w czasie wojny siedmioletniej sołtysa Martinca, a także przedziurawione czaszki dwóch żołnierzy. Zaraz po wejściu do środka uwagę zwraca umieszczony w centralnym punkcie skromny ołtarz z krucyfiksem. W bocznych ścianach wśród piszczeli i czaszek znajdują się dwa drewniane anioły - jeden z nich z trąbą i napisem "Powstańcie z martwych" oraz drugi z wagą i napisem "Pójdźcie pod sąd". Kolejne 20 – 30 tysięcy kości mieści się pod podłogą – jeszcze nie tak dawno wypełniały one kryptę po brzegi, upływ czasu, a także biblijna prawda „prochem jesteś i w proch się obrócisz” sprawiły, iż poziom obniżył się o prawie dwa metry. Przed wejściem ustawiono pomnik z napisem w trzech językach (niemiecku, czesku i polsku):  „Ofiarom wojen ku upamiętnieniu, a żywym ku przestrodze 1914”.